O presidente eleito Jair Bolsonaro (PSL) sinalizou a possibilidade de recuar da ideia de fundir o Ministério da Agricultura e Pecuária com o do Meio Ambiente. A tese foi uma das primeiras polêmicas encaradas por Bolsonaro após a eleição. Até apoiadores da candidatura dele criticaram a possibilidade. Um dos que se posicionou contra foi o atual ministro do MAPA, Blairo Maggi, que viu na proposta a perspectiva de fechamento de mercados internacionais para produtos brasileiros, além de uma sobrecarga nas atribuições da futura pasta. "Havia uma ideia de fusão, mas pelo que parece será modificada. Pelo que tudo indica, serão dois ministérios distintos", afirmou o presidente eleito.