A perda para o produtor rural, decorrente do prêmio negativo, implica em US$ 5,51 por tonelada, ou seja, US$ 0,33 por saca de 60 kg. Em reais, a perda por tonelada é de R$ 10,88. Caso se mantenha esse prêmio e o mesmo volume de 7 milhões de toneladas exportadas de soja paranaense em 2012, o produtor perderia o equivalente a R$ 76 milhões em 2013. Prejuízo pode aumentar se o prêmio negativo for maior nas próximas semanas

Os preços da soja nos portos brasileiros têm como referência a cotação na Bolsa de Chicago (CBOT), adicionando-se ainda um ágio ou deságio (prêmio negativo ou positivo). Resumidamente, o prêmio leva em conta diversos fatores como a origem e o destino do produto exportado, a qualidade, o frete marítimo, a demanda, o câmbio, a oportunidade e a eficiência do porto exportador. Os atrasos nos embarques pressionam negativamente os prêmios.

O cenário atual registra um prêmio negativo no Porto de Paranaguá pela primeira vez na atual safra dado aos problemas sistêmicos da logística brasileira. Essa deficiência logística assusta os tradicionais importadores, pois o país não consegue atender em tempo hábil à demanda internacional. Com isso, essa demanda mundial se transfere para outros mercados fornecedores, caso dos Estados Unidos. A situação caótica da logística implicou em prêmios negativos a partir de março de 2013, o que não ocorria desde 2008.