Dados do Registro em Emergência de Saúde Pública (Resp) criado pelo do Ministério da Saúde durante período epidêmico do vírus da zika (2015 e 2016) aponta que foram notificados 427 casos de microcefalia, até o ano de 2019, em Mato Grosso, segundo as definições do Protocolo de Vigilância para recém-nascido, natimorto, abortamento ou feto. No entanto, quase metade foram descartados após análise. 

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Dos 141 municípios, 74 já registraram casos, a maioria concentrando na região sul do Estado, principalmente em Rondonópolis (114), Cuiabá (67), Cáceres (58) e em Várzea Grande (28) correspondendo a 62,61% dos casos e os 37,39% restantes com distribuição dispersa nos demais municípios.

Do total de casos notificados, 47,30% foram descartados, 26,69% estão em investigação,18,9% foram confirmados e 5,9% considerados como prováveis casos com alterações congênitas relacionadas ao Zika vírus e/ou seguintes agentes infecciosos: Sífilis, Toxoplasmoses, Rubeola, Citomegalovirus e Herpes vírus (STORCH).

Seis casos foram considerados inconclusivos (1,41%), pois os municípios notificantes não encontraram a família (pais e criança) para realizar a investigação etiológica e concomitante acompanhamento.
 
Casos que evoluíram para óbito 
 
Após atualização das informações dos casos em investigações até a semana epidemiológica (SE) 31 de 2019, 9,36% (40) notificações referem-se a óbitos. Destas 45% (18) correspondem a abortos espontâneos, fetos e natimortos e os 55% (22) a recém nascido e crianças. As notificações concentraram-se no ano de 2016 (36), três em 2017 e uma no mês de abril de 2018.

Conforme as orientações do protocolo do Ministério da Saúde, os casos suspeitos cujo tempo entre o evento e a investigação seja superior a seis meses e não apresentaram evidencias epidemiológicas, clínicas e exames para elucidar devem ser descartados. Desta forma, 55% das notificações de óbitos foram descartadas.
 
Dos casos notificados e investigados, 18,73% (80) foram confirmados com Microcefalia e/ou alterações do SNC. Destes, 51 casos foram por exame de imagem e características clínicas epidemiológicas relacionadas a síndrome congênita da infecção do vírus Zika; 17 confirmados além dos critérios mencionados também por resultado laboratorial positivo para vírus Zika e 08 casos confirmados por amostra positiva de vírus Zika. Nas notificações suspeitas de infecção congênita por outros agentes infecciosos (STORCH) foram confirmadas quatro casos.