Os novos prefeitos que não encontraram em ordem as contas ou a documentação do município em 1º de janeiro de 2009 devem tomar providências para regularizar sua situação junto ao Fundo Nacional de Desenvolvimento da Educação (FNDE) de maneira a não prejudicar os estudantes, já que a omissão de prestação de contas ou a prática de irregularidades impede que o governo federal repasse recursos da educação para os municípios.

Os procedimentos necessários à regularização da situação de inadimplência junto ao FNDE são os mesmos para convênios assinados com a autarquia e os repasses diretos, como os do Programa Nacional de Alimentação Escolar (Pnae).

Inicialmente, o atual prefeito deve protocolar uma representação no Ministério Público local para a adoção das providências cíveis e criminais contra o gestor responsável pela omissão da prestação de contas ou pelas irregularidades. Em seguida, enviar cópia autenticada dessa representação ao FNDE junto com as devidas justificativas.

De posse desses documentos, o FNDE providenciará a imediata instauração da Tomada de Contas Especial contra o ex-prefeito. Com isso, estará regularizada a situação do município, que voltará a receber transferências de recursos da autarquia.