Controversa desde sua criação, é incrível como a Fundação Nacional de Saúde (Funasa) figura em escândalos. Ou como seus convênios são frequentemente alvos de polêmica. Só nas notícias mais atuais os recursos dos convênios figuram em pelo menos dois casos: teriam sido desviados das ações da saúde indígena para pagamento de assessoria jurídica da Uniselva (fundação financiadora de pesquisas da UFMT) e tiveram contas de sua aplicação mal prestadas pela prefeitura de Tangará da Serra.