Após análise de prestação de contas referente a 2011, a segunda câmara do Tribunal de Contas da União decidiu recomendar à fundação Universidade Federal de Mato Grosso o aprimoramento de procedimentos de controle nas seguintes áreas: processos licitatórios e recursos humanos. Os ministros também recomendaram à unidade técnica do tribunal em Mato Grosso a “avaliação sobre a conveniência e a oportunidade de ação de controle para apuração dos fatos relacionados à legalidade da redução de jornada de trabalho dos servidores do hospital universitário Júlio Müller”.