A Controladoria-Geral da União (CGU) constatou que o Ministério da Saúde gastou irregularmente R$ 6,5 milhões destinados a comunidades indígenas entre 2010 e 2012, segundo a "Folha de S. Paulo". Em relação ao DSEI (distrito sanitário especial indígena) Araguaia, que fica em Mato Grosso, foram apontados problemas estruturais, como veículos quebrados sem uso e grande quantidade de medicamentos vencidos e estocados.