O governador de Mauro Mendes (DEM) foi cobrado pelo deputado federal Carlos Bezerra (MDB) e também pelo prefeito de Chapada dos Guimarães, Osmar Fronner, sobre a extinção do projeto da Empaer. Para o governador, servidores da unidade estão recebendo além da conta e por isso a entidade precisava ser extinta e os servidores demitidos do estado. Para o deputado e o prefeito, entidades como a Empaer não podem ser excluídas porque as cidades necessitam dos estudos e principalmente do auxílio para melhorar a agricultura familiar.