Embora Cuiabá não tenha recebido investimentos extras como ocorreu com o governo do Estado, a capital mato-grossense também se beneficia da tendência de aumento dos repasses dos fundos setoriais do Ministério da Saúde para o fundo municipal de saúde entre 2002 e 2009.

Segundo dados disponíveis no site do ministério (www.saude.gov.br), a Atenção Básica recebeu 22% a mais em 2009 em relação ao ano anterior. NO ano passado foram repassados R$ 17 milhões ao município ante R$ 13 milhões em 2008.

Os gráficos do ministério apontam que a Secretaria Municipal de Saúde recebeu R$ 131.23 milhões em 2009 para gastos com Média e Alta Complexidade. O valor corresponde a 10% a mais do que o valor de 2008, quando a secretaria ficou com R$ 117.67 milhões.

No caso da Assistência Farmacêutica, os valores não variaram de 2008 para 2009, quando ficaram em torno de R$ 2.160 milhões. No entanto, a elevação maior ocorreu entre 2005 e 2006. Em 2005, foram repassados R$ 650 mil para este setor e em 2006 o valor passou para R$ 1.664 milhões, o que representou um salto de 60,93%.

Também houve irregularidade no ritmo de transferência de valores do fundo de recursos para a Gestão do Sistema Único de Saúde (SUS) para o fundo municipal.
Entre 2008 e 2009, o aumento para a Gestão do SUS foi de 43%. Ou seja, o repasse passou de R$ 339 mil para R$ 585 mil. Como em 2007 o ministério havia repassado apenas R$ 81.9 mil para o SUS. O aumento em 2008 foi de 75% para o fundo municipal.

Já a Vigilância em Saúde teve um aumento de apena 6% de 2008 para 2009, quando os valores repassados passaram de R$ 5.4 milhões para 5.1 milhões.