A SuperVia foi punida pela Agência Reguladora de Serviços Públicos Concedidos em Transportes (Agetransp) a pagar multa pela agressão de seguranças da empresa a passageiros na estação de Madureira (zona norte do Rio). A empresa que administra os trens da Região Metropolitada do Rio recebeu multa de 0,05% de todo o faturamento de 2008.

Em 15 de abril de 2009, os passageiros da SuperVia foram agredidos com socos, chutes e até chicotadas por seguranças da empresa quando tentavam embarcar em composições lotadas. Na época, a SuperVia informou que os agentes são treinados para garantir que as portas se fechem sem o uso da força física.