Junto com Antônio Carlos Magalhães (PFL-BA), Arruda foi acusado de fraudar a votação que cassou o mandato do senador Luiz Estevão. Apesar da votação ser secreta, o sigilo foi quebrado e senadores que votaram pela cassação eram constrangidos pela base do PMDB.

Arruda negou as acusações de fraude, subiu à tribuna e jurou até por seus filhos que era inocente. Dias depois, com as fortes evidências da quebra de sigilo do painel, Arruda renunciou ao cargo e livrou-se da cassação do mandato, que poderia torná-lo inelegível por nove anos.

Após sair do senado, Arruda deixou o PSDB e filiou-se ao DEM. Um ano depois, Arruda voltou ao Congresso como deputado federal. Em 2006, foi eleito governador do Distrito Federal.