A Unemat conta com quatro mestrados institucionais aprovados, sendo que há quatro anos não contava com nenhum. O primeiro dos mestrados aprovados foi Ciências Ambientais em 2005 e que teve sua primeira turma aberta em 2006. O curso foi ofertado no campus de Cáceres.

O segundo mestrado a entrar em funcionamento é ofertado no campus de Nova Xavantina na área de Ecologia e Conservação e começou suas turmas em 2007.

O terceiro curso de mestrado institucional da Unemat a entrar em funcionamento será o de Linguística ofertado no campus de Cáceres e que está com as inscrições abertas até o dia 16 de outubro.

O quarto curso já aprovado pela CAPES é o de Estudos Literários que será realizado no campus de Tangará da Serra e que ainda em 2009 deve divulgar o edital de seleção.

A Unemat ainda espera a aprovação da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior para a abertura e oferta de um mestrado institucional em Educação a ser realizado no campus de Cáceres.